Випускники Чернівецького торговельно-економічного інституту мають змогу навчатись в аспірантурі Київського національного торговельно-економічного інституту та інших закладів України. Так, протягом 2009-2014 рр. докторські дисертації захистили 6 викладачів, кандидатські дисертації – 42 викладача інституту.
В аспірантурі КНТЕУ проводиться підготовка науково-педагогічних кадрів з наступних наукових спеціальностей:
05.13.06 - інформаційні технології
05.18.08 - товарознавство непродовольчих товарів
05.18.15 - товарознавство харчових продуктів
05.18.16 - технологія харчових продуктів
08.00.01 - економічна теорія та історія економічної думки
08.00.02 - світове господарство і міжнародні економічні відносини
08.00.03 - економіка та управління національним господарством
08.00.04 - економіка та управління підприємствами
08.00.08 - гроші, фінанси і кредит
08.00.09 - бухгалтерський облік, аналіз та аудит
08.00.10 - статистика
08.00.11 - математичні методи, моделі ті інформаційні технології в економіці
09.00.03 - соціальна філософія та філософія історії
12.00.07 - адміністративне право і процес; фінансове право; інформаційне право
19.00.10 - організаційна психологія ; економічна психологія
23.00.02 - політичні інститути та процеси
25.00.02 – механізми державного управління
Навчання проходить за державним замовленням і за рахунок коштів юридичних та фізичних осіб на умовах контракту. До аспірантури на конкурсній основі приймаються особи, які мають вищу освіту і кваліфікацію спеціаліста або магістра.
Термін навчання в аспірантурі з відривом від виробництва не перевищує трьох років, а без відриву від виробництва – чотирьох років.
Сьогодні в аспірантурі КНТЕУ навчається 11 з 12 аспірантів ЧТЕІ. Крім цього над дисертаціями працює 8 здобувачів наукового ступеня кандидата наук.